据甪直地区史前出土文物考证，大约在 6000年前这里就有先民聚居。

秦王政二十六年（前221年），设立吴县，境域隶吴县。

唐武则天万岁通天元年（696年），吴县分置长洲县，境域属长洲县。

北宋元丰年间（1078—1085年），境域分属依仁乡、吴宫乡、苏台乡。

明洪武十四年（1381年）后，境内分属依仁乡（仁义里）、吴宫乡（宝座里）、苏台乡（贞丰里）。

明万历三十五年（1607年），六直（今甪直）富昌桥西南设巡检司署，移驻六直。

清雍正二年（1724年），析长洲县地置元和县，境域分属元和县依仁乡仁义里东19都，吴宫乡宝座里上、中、下20都，苏台乡贞丰里北 26 都。

清乾隆二十六年（1761年），设元和县丞分防厅。

民国元年（1912年）一月，将清代苏州府吴县、长洲县、元和县合并为吴县；境内置甪直乡，隶属吴县。

民国十七年（1928年），撤甪直乡自治所，建甪直乡镇局。

民国十八年（1929年）八月，撤甪直乡镇局，建吴县第十（甪直）区。

民国二十六年（1937年）十一月，甪直沦陷。

民国二十八年（1939年）三月，伪吴县知事公署建立甪直乡公所。

民国二十九年（1940年）三月，伪吴县政府恢复第十区建置。

民国三十四年（1945年）四月，镇北镇和中南镇合并为甫里镇，八月十五日，抗日战争胜利，恢复吴县第十区建置。

民国三十六年（1947年）二月，区、乡并编，包括建淞南区，原周庄区全部和郭巷区部分地区，治所驻甫里镇。

民国三十七年（1948年）二月，并编乡镇，淞南区辖 1 个甲等乡镇（甫里镇）和 2 个乙等乡镇（陈墓乡、楚伧乡），五月，淞南区和淞北区并合为吴淞区，区署设在甫里镇。

1949 年5月4日，境域解放，成立吴县淞南区人民政府，同年改建新乡，区政府驻在甫里镇。

1950年3月，淞南区改名甪直区，区政府驻在甪直镇。

1954年11月，划吴县甪直区管辖的甪直镇为县直属镇，建甪直镇人民政府。

1958年10月，撤乡并镇，淞南乡与甪直镇合并成立吴县淞南人民公社管理委员会。

1961年10月，镇社分开，划吴县淞南人民公社管理委员会管辖的甪直镇为县直辖镇。

1969年 3 月，甪直镇与淞南人民公社合并，成立吴县淞南人民公社革命委员会。

1980年7月，淞南人民公社革命委员会更名甪直人民公社

革命委员会。

1981年10月，甪直人民公社革命委员会更名甪直人民公社管理委员会。

1983年8月，实行政社分立，建立甪直乡人民政府，甪直人民公社称经济联合委员会。

1985年10月，实行镇管村建制。甪直乡人民政府更名甪直镇人民政府。

1995年6月8日，吴县撤县建市，甪直镇隶属吴县市管辖。

2001年2月28 日，撤销吴县市，设立苏州市吴中区和相城区，甪直镇隶属苏州市吴中区管辖。