宋朝以前，斗门一带称黄字围，属新会潮居都。

宋朝绍兴二十二年（1152）黄杨山附近岛屿划归香山县管辖，仍称潮居乡。

明朝洪武十四年（1381）香山县潮居乡改称黄梁都。大沙、马墩、上横属新会县潮居都。清朝绪六年（1880）黄梁都改称黄梁镇。清宣统二年（1910）改镇为区，按数字编列，称香山县为第八区。

1925年，改称为中山县八区。

1930年，改称为中山县黄梁区。

1931年，区名按数字编列，称中山县第八区。上横、大沙、马墩称新会县第八区。中华人民共和国成立后，1951年3月，仍为中山县第八区。上横、大沙、马墩称新会县第九区。

1958年11月，称中山县斗门大公社，为中山县7个大公社之一。横粉乡、大沙乡属新会县睦洲人民公社。

1965年7月19日，经国务院批准，成立斗门县，隶属广东省佛山地区。

1983年7月，斗门县归属珠海经济特区，成为珠海唯一的市辖县。

2001年4月，国务院批准斗门撤县建区，同年12月斗门区正式挂牌成立，称为珠海市斗门区。斗门区辖原斗门县的井岸、白蕉、干务、五山、斗门、上横、六乡、莲溪8个镇。

2003年，白蕉镇、六乡镇合并为白蕉镇，五山镇、干务镇合并为干务镇，莲溪镇、上横镇合并为莲洲镇。斗门县辖10个镇（井岸、白蕉、干务、五山、斗门、上横、蓬溪、六乡、红旗、平沙），121个村委会、47个居委会。 2000年，斗门县辖10个镇。

截至2005年12月31日，斗门区辖5个镇（井岸、白蕉、干务、斗门、莲洲）。