新石器时代，翁源就有人类活动。战国时期，翁源地属楚。秦为南海郡。两汉属荆州府桂阳郡浈阳县地。晋属始兴郡，仍浈阳地。梁承圣三年（公元554年），从浈阳县地析置翁源县，隶属衡州。陈又分属清远郡。隋废郡仍为县。开皇九年（公元589年），省诸郡，于始兴县置广州总管府，翁源隶焉。唐高祖武德四年（公元621年），翁源自广州析隶韶州。宋宣和三年（公元1121年），析曲江廉平、福建两乡与翁源太平合置建福县，亦属韶州，历时九年。建炎三年（公元1129年），废建福，太平并回翁源。元朝至元十五年（公元1278年），翁源并入曲江，隶广东道韶州路，翁源立巡司，谓慰宣司。大德五年（公元1301年），翁源复县，改属英德路。延祐六年（公元1319年），翁源又并入曲江。明洪武元年（公元1368年）上季又复县，改称岑水县，隶韶州府；次年3月（有说同年下季），岑水复名翁源。县名一直沿用至今。

翁源其名，系因山水而得。据明《嘉靖翁源县志》记载：县境之东有名山，高耸秀拔，顶有灵池，古名灵池山（今南浦桂竹翁山），池中有泉水八处，谓之八泉，曰：涌泉、温泉、香泉、甘泉、震泉、龙泉、玉泉、乳泉。泉水四时不涸，昔有二仙翁游息于此，居民饮其水者多寿。泉水汇而成河。故山名翁山，水名翁水。县亦以此起名，意为翁水之源也。