鱼洞地处长江边，又是腹地很广的箭滩河的入江口，因此很早就发展起来，成为重要的粮食、油盐、木材集散地，号称重庆上游的“米口”。早在南宋，就有了鱼洞之名。元朝时，鱼洞成为著名的水驿。

1930年设鱼洞镇。

1954年原巴县县政府从南泉迁到鱼洞，至2009年政府迁往龙洲湾街道以前，一直是巴县（后改巴南区）的县治所在。

鱼洞的长江边有一列礁石，礁石群中有一大斜洞，洞中栖鱼甚多，鱼洞因此得名。