汉唐时期

墨玉县

汉唐时期，归于阗国统辖。

汉神爵二年（公元前60年），西汉王朝在西域设立西域都护府。

西汉元寿元年（公元前2年），于阗王接受汉王朝印绶，下属官员由汉王朝授予官职，完善汉王朝在西域的统治。

东汉时期，西域有55国，于阗仍为大国。到东汉中期，于阗国更加强大，相继吞并精绝、戎卢、渠勒、皮山、扜弥等国，从精绝至莎车十三国皆服从于阗。

唐高宗上元二年（675年），高宗在于阗设毗沙都督府，分境为十州隶属于安西都护府。

宋元时期

北宋景德三年（1006年），喀喇汗王朝灭“大宝于阗国”，于阗国地域归喀喇汗王朝，墨玉县境也归喀喇汗王朝。

宋嘉定五年（1212年），东喀喇汗王朝灭亡，西辽王朝统治于阗，今墨玉县境属西辽王朝。

宋嘉定十八年（1218年），成吉思汗灭西辽。

元至元八年（1271年），忽必烈建立元朝，包括墨玉在内的于阗各地成为元朝直接管辖地。

元至元十六年（1279年），元朝在于阗建立宣慰司都元帅府，墨玉县境属宣慰司都元帅府管辖。

清朝时期

乾隆二十四年（1759年），清王朝在和阗设立办事大臣，墨玉属和阗办事大臣管辖。

清乾隆二十七年（1762年），喀什噶尔设参赞大臣，总理南疆八城，墨玉是和阗所属六城之一。

清光绪八年至十年（1882～1884年），于阗县曾设在喀拉喀什。

光绪九年（1883年），置和阗直隶州，墨玉地域属和阗直隶州管辖。

民国时期

民国二年（1913年），改和阗直隶州为和阗县，墨玉县属和阗县管辖。

民国八年（1919年），成立墨玉县。

民国九年（1920年），和阗设道，墨玉县属和阗道管辖。

民国十七年（1928年），和阗道改为和阗行政长公署，墨玉县属和阗行政长公署管辖。

民国三十二年（1943年），改和阗行政长公署为新疆省第七行政区，设行政督察专员公署，墨玉县属第七行政督察专员公署管辖。

新中国时期

1950年，成立和阗专区专员公署，墨玉县属和阗专员公署。

1969年，成立和田地区革命委员会，墨玉县属和田地区。