始建于清朝乾隆年间，民国时为六区，日伪统治时为六区，1938年为三岔河街，1946年4月为第十区，1947年为三岔河区，……2001年三岔河镇被吉林省批准为中心镇。2006年乡镇合并后，新城局农业示范园区划归三岔河镇管辖 。

1985年三岔河镇就被吉林省政府确定为第一个小城镇综合体制改革试点单位；1994年被吉林省政府批准为“吉林省经济十强镇”；1995年被国家四部委确定为“国家级综合体制改革试点单位”。扶余市分设后，市区迁至此处，三岔河镇更成了全市政治、经济、文化的中心。2001年三岔河镇被吉林省批准为中心镇，2002年三岔河镇又被命名为全国创建精神文明先进单位。2005年6月份，三岔河镇又被省文明委推荐为全国文明镇。2006年乡镇合并后，新城局农业示范园区又划归三岔河镇管辖。随着城镇基础设施的日趋完善，商贸流能更加活跃，文化、教育、金融、医疗等公共服务体系更加健全，经济快速发展的基础条件日趋成熟。