汉置余汗县，南宋改为余干县。据《通典》：“越之西界，所谓干越，越之余也。”据《旧唐书·地理志》：

“古所谓汗越，隋朝去水。”王先谦曰：“汗干字通。”余干，似指古越人之一部，一说“越人谓盐曰余。”

2005年，全县辖6个镇、19个乡：玉亭镇、瑞洪镇、黄金埠镇、石口镇、古埠镇、乌泥镇、康山乡、古竹乡、东塘乡、东源乡、大塘乡、新生乡、鹭鸶港乡、三塘乡、金山嘴乡、洪家嘴乡、白马桥乡、江埠乡、禾山乡、枫港乡、大溪乡、杨埠乡、九龙乡、梅港乡、社庚乡。（根据江西民政厅网站“余干县辖8镇17乡”）。

2006年1月20日，撤销新生乡、东源乡，成建制划归瑞洪镇管辖；撤销余干县古竹乡，成建制划归石口镇管辖；撤销余干县禾山乡，成建制划归枫港乡管辖；撤销余干县金山嘴乡，成建制划归三塘乡管辖（赣民字[2006]5号批复）。