先秦时期，綦江属巴国。

秦、汉为巴郡江州县地。汉武帝元鼎六年（前111年），为牂牁郡母敛县属地。西魏、北周属江阳县地。隋朝，为江津县地。

唐武德二年（619年），分江津县地置南州，并置隆阳、扶化、隆巫、丹溪、零水诸县。武德三年（620年），改名僰州。武德四年（621年），复名僰州。贞观五年（632年），置三溪县，隶属于南州。贞观七年（634年），置岚山、当山、归德、汶溪四县，隶属于南州。贞观八年（635年），岚山、当山、归德、汶溪四县并入南州。贞观十一年（638年），扶化、隆巫、零水三县并入南州。贞观十六年（643年）撤销丹溪县，置溱州溱溪郡，治地在荣懿县，管辖扶观、乐安。咸亨初年（670年），撤销三溪县。先天元年（712年），改隆阳县为南川县。天宝初年（742年），改南州为南川郡。乾元初年（758年），复名为南州，隶属于江南道黔州都督府（今彭水县）。

宋庆历八年（1048年），隶属于渝州。皇佑五年（1053年），撤销南州为南川县。熙宁七年（1074年），南川县并入南平军，隶属于夔州路。元丰初年（1078年），复置南川县。

元朝，置南坪綦江长官司，属播州宣慰司。至正二十六年（公元1366年），设綦江县。

明清时期，綦江县仍置，均属重庆府。

民国初期，綦江县先后隶属重庆蜀军政府、重庆镇抚府和川东道（后改为东川道）；民国16年（1927年），为国民革命军第二十一军的防地；民国24年（1935年），川政统一后，綦江县属四川省第三行政督察区。

中华人民共和国成立后，綦江县先属川东行政区璧山专区；1951年，璧山专区改为江津专区，綦江县仍属江津专区；1953年，撤销行政区，恢复四川省建置后，綦江县仍属江津专区；1958年11月，綦江县划归重庆市管辖。2011年10月，撤销重庆万盛区和綦江县，设立綦江区。