今南通境域按地理变化和历史渊源大致分为北、南两部。今南通北部的海安、如皋一带，春秋战国时期历届吴、越、楚等国地域，东晋义熙七年（411年）置宁海、如皋等县，属海陵郡，这是北部地区建县之始。今南通南部旧称通海地区。

唐代，胡逗洲得到开发。僖宗乾符二年（875），南通已有狼山镇遏使的职位。后来，五代吴国曾设丰乐镇、大安镇、崇明镇及狼山镇。五代时直接统治静海与东洲一带的是姚氏家族。姚彦洪建筑城池官廨，号称“静海都镇“，统辖狼山、丰乐、大安、崇明四个大镇。

后周显德三年（956），周军压境，姚氏政权控制东洲、静海约半个世纪的局面结束。显德五年（958）初，后周设立静海军，不久升静海军为通州（今南通市），并设静海、海门两县归通州管辖，州治驻静海。

宋代，通州属淮南东路，天圣元年（1023）通州改名为崇州，又称崇川。政和七年（1117）通州一度称静海郡。

元初至元十五～二十年（1278～1283），通州曾升为通州路，二十一年恢复为州，属扬州路。崇明县曾短时间归属通州，后又划属苏州。

明初，静海县废，此后，通州只管辖海门一个县。

清顺治元年（1644年），清军人关。次年七月南下占领通州。康熙十一年（1672年），海门废县为乡，并入通州。雍正二年（1724年），通州升为直隶州，隶属于江苏布政使司，领泰兴、如皋两县。乾隆二十六年（1761年），改属江宁布政使司。乾隆三十三年（1768年），割通州19沙、崇明11沙及新涨的天南等41沙设海门直隶厅。

清宣统三年九月十八日（1911年11月8日），通州官绅响应武昌起义，宣告通州脱离清王朝统治，次日成立军政府。

民国元年（1912年），江苏临时省议会决议通州废州设县，改称南通县，行政区划同宣统时的13市、8乡。民同十六年（1927年）5月，同民革命军（北伐军）抵南通，推翻北洋政府南通县知事公署，成立中华民国（南京国民政府）南通县政府，属江苏省政府管辖。

民国二十三年（1934年），江苏省行政第七区（后改为第四区）专员公署设于南通城，下辖南通、如皋、海门、启东、崇明5县。

1938年3月，日本侵略军侵占南通城，建立伪政权，国民党南通县政府先后迁至金沙、北兴桥，专员公署先后迁至马塘、掘港。

1940年11月，新四军东进通如海启地区，随即按照“三三制”原则建立南通、如皋、海门、肩东四县抗日民主政府。

1941年3月，成立苏中第四行政区专员公署，1945年12月和1946年8月先后建立苏皖边区第一、第九行政区专员公署。

1945年8月，日本宣布无条件投降。又经过3年半的解放战争，1949年2月，南通城解放。华中行政办事处决定，划南通城、唐闸镇、天生港镇、陆洪闸和近郊农村成立南通市，隶属苏皖边区第九行政区，行署机关驻南通市。当年5月，第九行政区改称苏北南通行政区。

1950年5月，南通市升格为苏北行署直辖市。

1953年1月起，南通市为江苏省辖市，同时建有南通区（同年4月起改称专区，1978年7月起改为地区）。其中“市”管辖城区、郊区，专区（地区）管辖海安、如皋、如东、南通、海门、启东、崇明7县（其中崇明于1958年11月划归上海）。地、市并行的体制一直延续到80年代初。

1983年3月，国务院决定，撤销南通地区行政公署，原行署所辖6县归南通市领导，市管县的体制延续至今。