清代为禁垦围场，光绪末年开发，当时此屯叫福胜北。日伪统治时期，南屯基为五道岗忠村所辖。
1947年属第五区（五道岗）。
1956年设乡，1958年改公社。1984为年南屯基乡、红石乡，1993年南屯基撤乡建镇。
1996年，南屯基镇面积71（一说66.358）平方千米，人口1.6万，镇政府驻福胜北，辖南屯基、北屯基、腰堡、北福兴、南福兴、榆林、团林、永兴、万兴9个行政村；红石乡面积73平方千米，人口0.9万，乡政府驻红榔头，辖中河、河兴、秀水、红榔头、柳泉、山青、裕民、永吉8个行政村。2005年，撤销红石乡，并入南屯基镇。
