春秋战国时期，星甸地属楚，后入吴，吴亡入越，楚灭越，重归于楚。

秦汉时，星甸属九江郡东城县。

三国时，星甸属魏、吴二国边境弃地。

晋时，星甸属扬州淮南郡乌江县。

南朝宋大明五年（461年），星甸属南兖州秦郡怀德县。

隋朝时，星甸属和州乌江县。

唐初，星甸属淮南道和州乌江县。

北宋太宗至南宋绍兴年间，星甸属淮南道和州乌江县。

元朝，星甸属河南江北行省庐州路和州乌江县。

明初，星甸属庐州府和州乌江县。

洪武九年（1376年）六月，置江浦县，星甸属南直隶应天府江浦县怀德乡。

清顺治二年（1645年），星甸属江南省江宁府江浦县。

咸丰八年（1858年），星甸属太平天国天浦省。

同治三年（1864年），复属江浦县。

民国元年（1912年），星甸属江苏省江浦县。

民国三年（1914年），星甸属江苏省金陵道江浦县。

民国一十六年（1927年），废道，星甸属江苏省江浦县。 民国二十二年（1933年），星甸属江苏省第九行政督察区江浦县。

民国二十四年（1935年），星甸属江苏省第十行政督察区江浦县。

民国二十六年（1937年）12月，日军侵犯江浦，县城沦陷，县政府解体。

民国二十七年（1938年）4月12日，江浦县政府在县境西部重新成立，星甸属于重新建立的江浦县。

民国二十八年（1939年）5～7月，星甸隶属中国共产党抗日民主政权—江浦办事处，办事处隶属苏皖省。

民国二十九年（1940年）5月，星甸始隶属中共江和全工委赤镇区。

民国三十年（1941年）起，星甸隶属于江苏省第五行政督察区江浦县。

民国三十二年（1943年）3月，星甸属中共皖江区委江全办事处北山区。

江全办事处于民国三十四年（1945年）5月撤销。

民国三十四年（1945年）9月10日，江浦县政府还治，仍属江苏省第五行政督察区。星甸属江苏省第五行政督察区江浦县。

民国三十七年（1948年）11月，中共江淮区党委建立江全督导室。

民国三十八年（1949年）1月，江全督导室称江全办事处，隶属江淮第五专员公署，星甸隶属江全办事处。

民国三十八年（1949年）2月，中共华东局撤销江全办事处，成立江浦县人民政府，星甸隶属江浦县。

1949年4月21日，江浦全境解放。6月，星甸属安徽省皖北行政公署滁县专署江浦县。

1949年8月，星甸分属江浦县星甸区和浦城区。

1950年4月，星甸分属江浦县汤泉区和浦城区。

1952年10月，星甸分属江浦县星甸区和浦城区。

1953年1月，江浦县由安徽省划回江苏省，星甸属江苏省扬州专区江浦县。

1956年2月，星甸属江苏省镇江专区江浦县。同年3月，撤区并乡，8月，重新编并为新的星甸乡、龙山乡。

1957年1月，星甸属扬州专区江浦县。

1958年7月，星甸属南京市江浦县。同年9月，撤销乡建制改建人民公社，星甸成立星火人民公社，龙山成立东风人民公社。

1961年，星火公社改称星甸公社。

1962年6月，星甸属扬州专区江浦县。

1966年3月，星甸属六合专区江浦县。

1967年初，龙山人民公社改名立新人民公社。

1971年3月，星甸属南京市江浦县。

1975年3月25日，立新人民公社复称龙山人民公社。

1983年3月，政社分设，改人民公社为乡建制，同年，龙山人民公社改为龙山乡，5月，星甸公社改为星甸乡。

1986年2月17日，经江苏省人民政府批复，星甸撤乡建镇，建立星甸镇，实行镇管村体制。

2000年4月3日，经江苏省人民政府批准，江浦县人民政府实施乡镇区划调整。撤销龙山乡，将其原辖区并入星甸镇，成立新的星甸镇。

2002年4月22日，经国务院批准，原浦口区与江浦县合并，设立新的南京市浦口区，星甸属新的南京市浦口区。