因地处万顷池和诸水源头，故名万源。这里既为历代兵家必争之地，又

是各路商贾云集之域，是川东北边境重要的商品集散地。

市境域夏商为梁州地，周为雍州之域，春秋战国属巴国疆土，秦属巴郡宕渠，东汉属益州巴郡宣汉县，唐贞观元年属通州，天宝元年属通川郡宣汉县，五代时置明通院（治地今东南旧院坝）元直属达州和巴州曾口县，明属重庆夔州达县，后属东乡县（治今宣汉县东乡镇）。

明正德十年（1515年）置太平县，清嘉庆年间升为太平直隶厅，道光初年（1821年）复降为太平县。

民国三年（1914年）因与安徽太平县同名，改为万源县。

清乾隆六十年（1795）全县分为十保。嘉庆七年（1802）升县为直隶厅。道光二年（1822）由太平直隶厅复置太平县，原太平厅七八九保设城口厅，割巴州（今巴中）之太平、长乐两乡及通江之安仁里、长宁里、麻巴里各甲拨入太平县，时人称“三乡”为新太平，原七保为老太平，时七保三乡共辖119甲，51个场镇，其中九乡黄钟堡设巡检分署。

民国三年（1914）改太平县为万源县，按四川省团务处之规定，改乡保为区团制，时设十个区，连县城52个场镇（团），其中七区黄钟堡设县佐公署。

民国十七年（1928）撤。

民国十八年（1929）复设分知事公署。

民国二十四年（1935）2月，红军北上抗日，撤离万源县境，国民党政府将建制和辖区又恢复到红军入川前。同年6月又将区划由10个区改划为4个区，39个联保。

民国三十年（1941）改联保为乡镇、保甲制，时全县4个区24个乡、214保、2040甲、27897户、150469人。

1993年7月，经国务院批准撤销万源县和白沙工农区，合并设立万源市。