中国隋朝时，该地改名为靺鞨使向隋文帝归附。

唐朝贞观五年（公元631年），黑水靺鞨向唐太宗进贡。

唐朝开元元年（公元713年），唐玄宗在滨海边疆区南部及其正南设忽汗州都督府（渤海都督府）。其中率宾府驻地就是双城子（俄“乌苏里斯克市”）。黑水都督府、渤海都督府同属河北道安东都护府。

唐朝开元十年（公元722年），唐玄宗任命黑水靺鞨首领倪属利稽为勃利（俄“哈巴罗夫斯克市”）刺史，同年设黑水府。

唐朝开元十一年（公元723年），设黑水都督府属河北道安东都护府，唐政府派内地官员到黑水都督府任职，官职为长史，监督都督府行政。

辽朝（契丹），属东京道五国部节度使。

金朝，属速频路。

元朝，属辽阳行省开元路、水达达路（由开元路分出）。

明朝永乐七年（公元1409年）5月21日，设立奴儿干都指挥使司管辖着远东故地。

清朝，为吉林将军三姓和宁古塔副都统辖区。

清朝咸丰十年（公元1860年），俄国与清政府签订不平等条约《中俄北京条约》，清政府割让了乌苏里江以东包括库页岛在内的约40万平方公里的领土，其中包括今天的滨海边疆区。

1920年4月6日，归属于苏俄控制下的远东共和国。

1926年1月4日，归属苏联远东边疆区。

1938年10月20日，苏联政府成立滨海边疆区。

1991年12月25日，苏联解体，滨海边疆区正式归于俄罗斯联邦。