欧盟转基因生物安全以过程为基础进行管理。生物安全管理的决策权在欧盟委员会和部长级会议。日常管理由欧洲食品安全局(EFSA)及各成员国政府负责。EFSA负责开展转基因风险评估，独立地对直接或间接与食品安全有关的事务提出科学建议。

　　转基因生物在欧盟范围内开展环境释放主要由各成员国政府提出初步审查意见，EFSA组织专家进行风险评估，最后由欧盟委员会主管当局和部长级会议决策。

　　《转基因食品及饲料条例》、《转基因生物追溯性及标识办法以及含转基因生物物质的食品及饲料产品的追溯性条例》规定，对转基因成分含量高于0.9％的食品进行标识，对转基因产品实行从农田到餐桌的全过程管理。