根据《国家税务总局关于代开货物运输业发票个人所得税预征率问题的通知》(国税函〔2008〕977号)规定,代开货物运输业发票的个体工商户、个人独资企业和合伙企业,属于《国家税务总局关于货物运输业若干税收问题的通知》(国税发〔2004〕88号)第四条规定,代开货运发票的个人所得税纳税人,统一按开票金额的2.5%预征个人所得税。
年度终了后,实行查账征税的代开货运发票个人所得税纳税人,按规定预征的个人所得税可以在汇算清缴时扣除。实行核定征收的个人所得税纳税人,按规定预征的个人所得税,不得从已核定税额中扣除。