您好！我们的一家下属公司，在上海，最近收购了一家注册在陕西西安的公司的股权。该公司原来有两个个人持股。由于该下属公司拟支付的价款高于被收购公司的注册资本，根据税法，该下属公司应代扣代价个人所得税。问题是，我们处于谨慎咨询了西安和上海两家税务机关。西安税务机关认为企业位西安且股东居住在西安，个人所得税款应缴纳在西安。上海税务机关认为，个人所得税应由支付人在其主管税务机关支付。我们查阅了个人所得税法，没有发现明确的规定。请问，我们该如何处理？

　　根据《国家税务总局关于加强股权转让所得征收个人所得税管理的通知》（国税函[2009]285号）规定：

　　“三、个人股东股权转让所得个人所得税以发生股权变更企业所在地地税机关为主管税务机关。纳税人或扣缴义务人应到主管税务机关办理纳税申报和税款入库手续。主管税务机关应按照《个人所得税法》和《税收征收管理法》的规定，获取个人股权转让信息，对股权转让涉税事项进行管理、评估和检查，并对其中涉及的税收违法行为依法进行处罚。”

　　因此，个人股东股权转让所得个人所得税以发生股权变更企业所在地地税机关为主管税务机关。纳税人或扣缴义务人应到主管税务机关办理纳税申报和税款入库手续。

　　仅供参考。具体事宜请直接咨询的主管或所在地税务机关咨询。