根据《增值税暂行条例》第十条的规定，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务。根据上述规定，该公司新购用于接送员工上下班的客车，属于集体福利范畴，其进项税额不得抵扣。