根据《财政部、国家税务总局关于集体土地城镇土地使用税有关政策的通知》（财税〔2006〕56号）规定，在城镇土地使用税征税范围内实际使用应税集体所有建设用地，但未办理土地使用权流转手续的，由实际使用集体土地的单位和个人按规定缴纳城镇土地使用税。因此，上述公司使用村委会土地用于经营，应由该公司缴纳土地使用税。