我公司是增值税一般纳税人，主要从事有色金属的加工、生产制造、销售（含出口）业务。因财务人员工作失误，2009年某月将估价销售的产品在次月未进行先冲回再调整，结果出现少计收入的问题。在2011年国税稽查部门检查中发现此问题，由此产生增值税款100余万元，目前我公司期末增值税留抵税额近2000万元。请问此项检查查补税款能否抵顶现在的留抵？如果可以，将查补税款冲减留抵是否还要加处罚款？另外，《国家税务总局关于增值税一般纳税人将增值税进项留抵税额抵减查补税款欠税问题的批复》（国税函[2005]169号）文件，我公司是否适用？稽查部门能否依据上述文件精神将这项问题在稽查报告中反映？

　　《国家税务总局关于增值税一般纳税人将增值税进项留抵税额抵减查补税款欠税问题的批复》（国税函[2005]169号）第一条规定，增值税一般纳税人拖欠纳税检查应补缴的增值税税款，如果纳税人有进项留抵税额，可按照《国家税务总局关于增值税一般纳税人用进项留抵税额抵减增值税欠税问题的通知》（国税发[2004]112号）的规定，用增值税留抵税额抵减查补税款欠税。

　　根据上述规定，对于增值税一般纳税人拖欠纳税检查应补缴的增值税税款，税务检查可以用增值税留抵税额抵减查补税款形成的欠税。是否处罚，要结合少缴税款时点及具体情形，根据《税收征收管理法》相关规定处理。