根据《财政部、国家税务总局关于增值税若干政策的通知》（财税〔2005〕165号）第六条规定，一般纳税人注销或被取消辅导期一般纳税人资格，转为小规模纳税人时，其存货不作进项税额转出处理，其留抵税额也不予以退税。依据《增值税暂行条例实施细则》第四条第三项规定，设有两个以上机构并实行统一核算的纳税人，将货物从一个机构移送其他机构用于销售，应视同销售，但相关机构设在同一县（市）的除外。根据上述规定，设立在外县市的分支机构注销时，存货由分支机构移至总机构应视同销售，留抵的税额作为分支机构进项税额在实现的销项税额中正常扣除，而不能在企业所得税前扣除。